Marmara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü, lisansüstü düzeyde eğitim öğretim yapılması amacıyla 20 Temmuz 1982 tarihinde 41 sayılı Kanun hükmünde kararname ile kurulmuştur. Lisans mezuniyeti sonrası çalışmaların organizasyonu, koordinasyonu ve ilgili bilimsel araştırmaların yönetilmesi amacıyla kurulan Marmara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü 1982-1983 Eğitim-Öğretim Dönemi Bahar Yarıyılında Diş Hekimliği ve Eczacılık Fakültelerinin Anabilim Dalları programları ile eğitim ve öğretime başlamıştır. Üniversitemizin Tıp Fakültesinin kurulmasıyla bu fakültemizin Anabilim Dalları ve daha sonrada Beden Eğitimi Spor Yüksekokulu, Hemşirelik Yüksekokulu, Gastroenteroloji Enstitüsü ve Nörolojik Bilimler Enstitüsü Anabilim Dalları programları eklenmiştir. Mevcut durumda beş fakülte (Tıp, Eczacılık, Diş Hekimliği, Sağlık Bilimleri ve Spor Bilimleri) ve iki enstitüye (Gastroenteroloji ve Nörolojik Bilimler) bağlı anabilim dalları ile, tezli yüksek lisans, tezsiz yüksek lisans ve doktora çalışmalarını sürdürülmektedir.

Enstitümüzde 2011 yılında Marmara Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü Dergisi (MÜSBED) kurulmuştur. Daha sonra adı değiştirilerek “Clinical and Experimental Health Sciences-CEHS” olarak ve yılda 4 sayı ile yayın hayatına devam etmektedir. CEHS dergisi Emerging Science Citation Index (ESCI) veri tabanındadır.

Enstitümüz 2013 yılında Organisation for PhD in Biomedicine and Health Sciences (ORPHEUS) üyesi olmasıyla lisansüstü eğitimde ve özellikle doktorada kalitenin arttırılmasına yönelik çalışmalara başlamıştır. Üniversitemiz Lisansüstü Eğitim ve Öğretim Yönetmeliği’ne ek olarak 2016 yılında «Sağlık Bilimleri Enstitüsü Doktora Eğitim Öğretim ve Sınav Uygulama Esasları» uygulamaya konmuş ve ihtiyaçlar doğrultusunda Haziran 2021 itibariyle revize edilmiştir. Ayrıca yine Haziran 2021 tarihinden itibaren «Danışmanlık Yönergesi» ve «Öğrenci-Danışman Sözleşmesi» uygulamaya alınmıştır. Çalışmalarını kalite odaklı sürdüren enstitümüz Ocak 2022 itibariyle Yükseköğretim Kalite Kurulu (YÖKAK) “Lisansüstü Sağlık Eğitiminde Altın Kalite Güvencesi” etiketi almaya hak kazanmıştır. Kalite çalışmalarının kurum kültürüne dönüşmesini hedefleyen enstitümüzde 2022 yılından itibaren en önemli iç paydaşımız olan öğrencilerin süreçlere katılımının sağlanması amacıyla her lisansüstü program için öğrenci temsilcisi seçilerek bu öğrencilerin enstitünün farklı komisyonlarında yer alarak sürece dahil edilmeleri sağlanmıştır.